Geneious Prime 功能介紹

時間：2022-12-29作者：北京天演融智軟件有限公司瀏覽：122

以下文章來源于SnapGene ，作者Geneious




關(guān)于Geneious
Geneious是一款綜合的、跨平臺的、良好的生物信息學(xué)軟件，實現(xiàn)了發(fā)現(xiàn)，共享，操作和探索生物科學(xué)數(shù)據(jù)，可以輕松實現(xiàn)從基礎(chǔ)的分子生物學(xué)到序列分析，引物設(shè)計和限制性分析等，是一款特別適用于診斷抗體研發(fā)生物信息學(xué)的軟件。

Geneious的開發(fā)公司Biomatters是一家應(yīng)用生物信息學(xué)公司，為生物制藥和商業(yè)生物技術(shù)行業(yè)，以及學(xué)術(shù)和**機(jī)構(gòu)提供*的研發(fā)解決方案?？偛课挥谛挛魈m奧克蘭，在丹麥和美國設(shè)有辦事處，用戶遍及**125個國家，其解決方案提高了4000多所大學(xué)，研究機(jī)構(gòu)和公司的生產(chǎn)力，****的20家醫(yī)藥企業(yè)中16家采用了Geneious軟件來提高研發(fā)效率和降。




Geneious Prime是業(yè)界良好的生物信息學(xué)和分子生物學(xué)軟件，跟SnapGene、GraphPad Prism、nQuery一樣，同屬Dotmatics旗下。




今天就帶大家具體了解一下Geneious Prime的功能，希望能幫助大家較好的了解這個工具！




Geneious Prime提供了一套全面的分子生物學(xué)和序列分析工具。

NGS預(yù)處理
? 導(dǎo)入Illumina、PacBio和NanoPore讀數(shù)。
? 修剪、過濾和解復(fù)用單端和成對端數(shù)據(jù)。
? 合并成對讀取。
? 重復(fù)數(shù)據(jù)消除。
? 錯誤糾正和規(guī)范化。
? 過濾嵌合體。

映射比對組裝和從頭組裝
? 只需在良好的映射比對組裝和從頭組裝算法之間切換。
? 支持Sanger和NGS數(shù)據(jù)的組裝，包括Illumina、PacBio和Oxford Nanopore任意長度的讀數(shù)，包括成對的末端讀數(shù)和混合組件。
? 組裝微生物基因組、質(zhì)粒和其他環(huán)狀序列時產(chǎn)生環(huán)狀重疊群。
? MAUVE基因組比對的基因組比較和整理。
? 映射器包括Geneious、Geneious for RNA Seq、BBMap、Minimap2、Bowtie2和TopHat。
? 從頭組裝算法，包括Geneious、SPAdes、Flye、MIRA、Tadpole和Velvet。

變量調(diào)用與表達(dá)式分析
? 使用Geneious或FreeBayes調(diào)用SNPs/變體。
? 使用同步基因組視圖實時過濾表格結(jié)果。
? 計算并比較映射RNA序列數(shù)據(jù)的表達(dá)水平。
? 使用PCA和火山圖可視化。

序列分析
? 修剪、組裝和查看桑格測序跟蹤文件。
? 糾正基本呼叫并創(chuàng)建共識序列。
? 注釋圖案、ORF和重復(fù)。
? 預(yù)測基因和結(jié)構(gòu)元素。
? 基于數(shù)據(jù)庫相似性搜索的實時標(biāo)注。
? 動態(tài)翻譯選擇，或顯示注釋或選定框架的翻譯。
? 序列屬性的動態(tài)圖和統(tǒng)計數(shù)據(jù)，如pI、分子量、熔點(diǎn)、AA組成等。

序列比對
? DNA或蛋白質(zhì)的多重和成對序列比對，包括全基因組比對。
? 與常見的安全的算法保持一致，包括Geneious Aligner、MUSCLE、MAFFT、Clustal Omega、MAUVE和LastZ。
? 通過實時平移和高亮顯示查看和編輯路線。

種系發(fā)生
? 使用Geneious樹生成器、MrBayes、PAUP*、PhyML、RAxML等構(gòu)建樹。
? 可視化、編輯和標(biāo)記樹。
? 交互式距離矩陣查看器。
? 導(dǎo)出符合出版要求質(zhì)量的圖表。

微衛(wèi)星分析
? 導(dǎo)入原始ABI跟蹤文件。
? 微調(diào)、預(yù)測和手動調(diào)整峰值。
? Bin峰值為等位基因。
? 生成等位基因調(diào)用的表格輸出。

分子克隆
? 查看質(zhì)粒圖，自動注釋載體，并使用注釋復(fù)制粘貼序列。
? 一步式GoldenGate（IIS型）和限制性克隆。
? 基于同源性的，包括Gibson、GeneArt和In Fusion。
? TOPO克隆。
? 克隆操作的父/后代譜系跟蹤。
? 密碼優(yōu)化和反翻譯。
? 沉默突變分析，尋找潛在的限制位點(diǎn)。
? CRISPR gDNA設(shè)計。
? 模擬PCR、消化和連接。

引物設(shè)計
? 自動設(shè)計PCR和測序引物以及雜交探針，用于任何目標(biāo)區(qū)域或整個序列。
? 在序列視圖中輕松添加引物。
? 設(shè)計基本和簡并PCR引物。
? 在設(shè)計過程之前、期間或之后添加和刪除引物序列的擴(kuò)展。
? 引物特異性測試，以檢查模板序列上的其他結(jié)合位點(diǎn)。
? 篩選物理性質(zhì)、發(fā)夾和引物二聚體。
? 以FASTA、電子表格或GenBank格式拖放引物。

數(shù)據(jù)管理和寫作
? 拖放導(dǎo)入文件和文件夾，包括Vector NTI數(shù)據(jù)庫。
? 將元數(shù)據(jù)從電子表格導(dǎo)入序列和其他文檔。
? 智能NGS導(dǎo)入–一步導(dǎo)入任何種類的SAM、BAM、GFF、BED和VCF文件。
? 直觀的基于文件夾的項目組織。
? 無縫集成的共享數(shù)據(jù)庫。
? 快速搜索數(shù)據(jù)庫中的所有序列和元數(shù)據(jù)。
? 廣泛的導(dǎo)出選項。

搜索和BLAST
? 直接訪問NCBI公共BLAST數(shù)據(jù)庫。
? **本地數(shù)據(jù)庫的自定義BLAST。
? 集成搜索外部數(shù)據(jù)庫，包括GenBank和UniProt。
? 將序列直接上傳到GenBank。
? 在PubMed中搜索文獻(xiàn)。
? 針對本地或共享數(shù)據(jù)庫的**搜索。

自動作流
? 使用可視化編輯器創(chuàng)建用于自動批量分析的工作流。
? 用于執(zhí)行管道的20多個內(nèi)置工作流，包括將變量應(yīng)用于參考序列、映射讀取然后查找SNP和隨機(jī)采樣序列。
? 通過編寫自定義代碼工作流的選項擴(kuò)展功能。

API和開發(fā)人員
? 使用插件開發(fā)工具包添加**功能或與其他系統(tǒng)集成。
? 添加您喜愛的算法、數(shù)據(jù)庫或可視化。
? 打包命令行程序以通過Geneious Prime GUI運(yùn)行。




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• 詞條

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