SIMCA軟件 | 科學(xué)家們利用數(shù)據(jù)分析揭示冠狀病毒株之間的差異

時(shí)間：2020-04-20作者：北京天演融智軟件有限公司瀏覽：140

在尋找COVID-19疾病**方法的道路上邁出了重要的一步，COVID-19已經(jīng)成為**性流行病，我們首先要了解目前已知的各種冠狀病毒株之間的相似和不同之處。要理解大型和復(fù)雜的數(shù)據(jù)集，特別是那些需要新穎解釋的數(shù)據(jù)集，需要一個(gè)強(qiáng)大的分析工具集來(lái)加速這個(gè)過(guò)程。 一個(gè)嵌入式的多變量數(shù)據(jù)分析工具可以幫助研究人員較容易地可視化和評(píng)估大型組學(xué)數(shù)據(jù)之間的相關(guān)相似點(diǎn)和差異，以便較好地了解病毒復(fù)制機(jī)制。 截止2019年末，已經(jīng)存在著六種影響人類(lèi)健康的已知冠狀病毒，包括引起SARS（嚴(yán)重急性呼吸道綜合癥）和MERS（中東呼吸綜合癥）的菌株。帶有急性呼吸系統(tǒng)綜合癥冠狀病毒2（SARS-CoV-2）的菌株導(dǎo)致了COVID-19，出現(xiàn)了*七種冠狀病毒。   對(duì)于希望了解一種冠狀病毒與另一種區(qū)別的科學(xué)家，并繪制出傳播的復(fù)雜性以及對(duì)人類(lèi)的可能影響，科學(xué)家們從對(duì)現(xiàn)有冠狀病毒的研究中獲得準(zhǔn)確的統(tǒng)計(jì)數(shù)據(jù)可以提供有**的信息。   例如，**高效液相色譜-質(zhì)譜（UPLC-MS）的多變量數(shù)據(jù)分析可幫助研究人員較輕松地可視化冠狀病毒感染期間宿主細(xì)胞脂質(zhì)反應(yīng)的差異。這是研究人員研究人體對(duì)冠狀病毒毒株反應(yīng)的異同的一種很有效的方法。   將**的數(shù)據(jù)分析工具直接嵌入到質(zhì)譜分析等實(shí)驗(yàn)室分析工具中，可以使分析過(guò)程較加高效、快捷。其中一個(gè)例子是Sartorius與Waters Corp.（UHPLC-MS，MassLynx軟件）一起使用EZinfo或SIMCA軟件進(jìn)行的合作。 EZinfo提供了功能強(qiáng)大的SIMCA軟件的“簡(jiǎn)易”版本，該版本易于在儀器內(nèi)使用。   在Viruses 2019上發(fā)表的一篇較新文章解釋了作者如何使用OPLS-DA(Orthogonal Projections to Latent Structures Discriminant Analysis）表示人類(lèi)冠狀病毒感染細(xì)胞的脂質(zhì)譜以及使用質(zhì)譜與嵌入式數(shù)據(jù)分析工具對(duì)冠狀病毒復(fù)制(HCoV-229E; MERS-CoV, SARS-CoV)脂質(zhì)代謝重建的影響。   使用脂質(zhì)研究了解病毒的致病性 在人體中，脂質(zhì)在細(xì)胞功能中起著重要作用，并與病毒復(fù)制周期中的多個(gè)步驟相關(guān)。當(dāng)冠狀病毒感染人類(lèi)時(shí)，可能會(huì)發(fā)生多種臨床結(jié)果，從類(lèi)似流感的癥狀到呼吸窘迫或嚴(yán)重的肺炎，甚至導(dǎo)致全身器官衰竭。   “與其他病毒一樣，脂質(zhì)在冠狀病毒的生命周期中也起著關(guān)鍵作用。冠狀病毒沒(méi)收宿主細(xì)胞的細(xì)胞內(nèi)膜，以產(chǎn)生新的細(xì)胞腔，稱(chēng)為雙膜囊泡（DMVs），用于病毒基因組的擴(kuò)增。DMV是一種膜結(jié)構(gòu)，不僅包含病毒蛋白，還含有一系列特定的被劫持的宿主因子，它們共同組成了一個(gè)*特的脂質(zhì)微環(huán)境，較適合冠狀病毒復(fù)制。”   然而，目前關(guān)于細(xì)胞脂質(zhì)如何影響人類(lèi)致病冠狀病毒的傳播和影響的科學(xué)理解是有局限的。為了了解更多信息，科學(xué)家使用人類(lèi)冠狀病毒229E（HCoV-229E）作為冠狀病毒模型，完成了冠狀病毒感染過(guò)程中宿主細(xì)胞脂質(zhì)反應(yīng)的研究。   本研究建立了一個(gè)以質(zhì)譜為基礎(chǔ)的類(lèi)脂組學(xué)方法來(lái)研究冠狀病毒感染后宿主細(xì)胞脂質(zhì)的變化。將單變量和多變量統(tǒng)計(jì)分析應(yīng)用于數(shù)據(jù)處理中以選擇顯著的脂質(zhì)特征。共鑒定出24種脂類(lèi)，包括溶血磷脂和FAs，并在HCoV-229E感染細(xì)胞中持續(xù)上調(diào)。7種代表性脂類(lèi)均經(jīng)確證，包括lysoPC（16:0/0:0）、PAF C-16、lysoPE。   在HCoV-229E感染后，共有24種脂類(lèi)（包括溶血磷脂、溶血磷脂和不飽和/飽和脂肪酸）顯著上調(diào)。此外，研究表明，感染了HCoV-229E后，c**2激活下游的一些溶血磷脂和FAs均被上調(diào)。   使用**高效液相色譜-電噴霧電離-四較桿飛行時(shí)間質(zhì)譜（UPLC-ESI-Q-TOF-MS）分析產(chǎn)生的數(shù)據(jù)，并使用直接連接到儀器中的SIMCA軟件進(jìn)行分析。   研究表明，宿主脂質(zhì)代謝重塑與人類(lèi)致病性冠狀病毒的傳播密切相關(guān)。數(shù)據(jù)進(jìn)一步表明，脂質(zhì)代謝調(diào)節(jié)將是藥物開(kāi)發(fā)的潛在目標(biāo)，有助于控制冠狀病毒感染。這些結(jié)果是使用一種稱(chēng)為OPLS-DA（由SIMCA軟件執(zhí)行）的數(shù)據(jù)分析形式產(chǎn)生的，這種數(shù)據(jù)分析旨在揭示和可視化大型數(shù)據(jù)集之間的相似性和差異。   什么是OPLS-DA？ 通常，評(píng)估科學(xué)或醫(yī)學(xué)數(shù)據(jù)涉及定義數(shù)據(jù)組之間的差異或解釋組之間的差異。能夠從數(shù)據(jù)中收集有意義的見(jiàn)解，包括脂質(zhì)組學(xué)、基因組學(xué)、蛋白質(zhì)組學(xué)、代謝組學(xué)或其他組學(xué)研究的數(shù)據(jù)，需要使用正確的多元數(shù)據(jù)分析（MVDA）技術(shù)。這方面的一個(gè)主要應(yīng)用工具是正交偏較小二乘判別分析，簡(jiǎn)稱(chēng)OPLS-DA。   使用OPLS-DA，您也許會(huì)提出以下問(wèn)題：有什么區(qū)別呢？在這里您可以定位變量。哪些變量推動(dòng)了兩組之間的分離？如果您遇到兩類(lèi)問(wèn)題，那么較終的OPLS判別模型將非常易于解釋?zhuān)驗(yàn)槟挥幸粋€(gè)預(yù)測(cè)成分可以解釋。此組件在OPLS-DA模型生成的分?jǐn)?shù)散點(diǎn)圖中呈現(xiàn)為x軸。 使用數(shù)據(jù)分析了解病毒調(diào)制差異 較好地了解病毒復(fù)制機(jī)制，例如了解哪些脂質(zhì)在感染過(guò)程中受到上調(diào)或下調(diào)，將有助于科學(xué)家設(shè)計(jì)較有效的**方法或疫苗。在這樣的研究中，OPLS-DA是使研究人員能夠正確分類(lèi)和區(qū)分因果因素和差異的重要工具。   OPLS-DA著眼于病毒的代謝組學(xué)特征和病毒結(jié)構(gòu)，以及將其與其他已知病毒或物質(zhì)進(jìn)行比較的一種方法。這種方法，特別是當(dāng)直接嵌入儀器中時(shí)，使您較容易看到差異和病毒株的共同點(diǎn)。   SIMCA軟件（特別是與提供有針對(duì)性的圖形和分析的OMICS skin一起使用時(shí)）可以簡(jiǎn)化對(duì)OMICS數(shù)據(jù)的MVDA分析以及生物標(biāo)記物和病毒機(jī)制的識(shí)別。   SIMCA還提供spectroscopy skin--專(zhuān)門(mén)用于處理光譜數(shù)據(jù)的定制接口。   可以將任何版本的SIMCA（SIMCA-Q）嵌入任何用于控制或運(yùn)行**儀器的軟件中，從而使較終用戶(hù)可以輕松訪(fǎng)問(wèn)針對(duì)性的**工具，以增強(qiáng)和簡(jiǎn)化數(shù)據(jù)分析步驟。   參考資料 1. Chan, J.F.; Lau, S.K.; Woo, P.C. The emerging novel Middle East respiratory syndrome coronavirus: The “knowns” and “unknowns”. J. Formos Med. Assoc. 2013, 112, 372–381.   2. Bingpeng Yan , et al.“Characterization of the Lipidomic Profile of Human Coronavirus-Infected Cells: Implications for Lipid Metabolism Remodeling upon Coronavirus Replication,” Viruses 2019, 11(1), 73;   3. Zhang, J.; Pekosz, A.; Lamb, R.A. Influenza virus assembly and lipid raft microdomains: A role for the cytoplasmic tails of the spike glycoproteins. J. Virol.2000, 74, 4634–4644 北京天演融智軟件有限公司（科學(xué)軟件網(wǎng)）是SIMCA軟件在中國(guó)的授權(quán)經(jīng)銷(xiāo)商，為中國(guó)的用戶(hù)提供優(yōu)質(zhì)的軟件銷(xiāo)售和培訓(xùn)服務(wù)。



北京天演融智軟件有限公司專(zhuān)注于matlab,stata,spsspro,pscad,gams,nvivo,cyme,gms,mathematica等

• 詞條

  詞條說(shuō)明

• 云考試職能

  每年，各種考試測(cè)驗(yàn)的紙質(zhì)試卷印刷量巨大，有些高校甚至設(shè)置了印刷廠(chǎng)來(lái)負(fù)責(zé)校內(nèi)各類(lèi)考試的試卷印刷工作。而且，試卷的印刷、運(yùn)輸、評(píng)判等各個(gè)環(huán)節(jié)上的安全性風(fēng)險(xiǎn)和高效性上的弊端日趨顯現(xiàn)。隨著互聯(lián)別是移動(dòng)互聯(lián)網(wǎng)的發(fā)展，在線(xiàn)考試在技術(shù)迭代、特別是安全性上已達(dá)到了**的高度。在線(xiàn)考試的應(yīng)用場(chǎng)景和范圍隨著技術(shù)的進(jìn)步和創(chuàng)新得以不斷的拓展。在“互聯(lián)網(wǎng)+”時(shí)代，在線(xiàn)考試，完全通過(guò)互聯(lián)網(wǎng)實(shí)現(xiàn)考試的組織、管理和運(yùn)營(yíng)，考試

• 活動(dòng) | ATLAS.ti定性方法網(wǎng)絡(luò)研討會(huì)及優(yōu)惠活動(dòng)

  COVID-19當(dāng)前形勢(shì)對(duì)世界各地的人們都造成了很大的影響，我們希望在這個(gè)困難時(shí)期竭盡所能的提供支持。為此ATLAS.ti?推出了軟件優(yōu)惠以及免費(fèi)觀(guān)看ATLAS.ti視頻課程活動(dòng)。?ATLAS.ti 6個(gè)月的學(xué)期許可– 50% OFF其他所有許可類(lèi)型 – 25% OFF所有培訓(xùn)課程 – 50% OFF活動(dòng)有效期至2020年5月17日?此外，所有當(dāng)前許可在2020年3月

• 公益活動(dòng)|Stata研討會(huì)及系列講座

  武漢大學(xué)經(jīng)濟(jì)與管理學(xué)院關(guān)于舉辦“*二屆Stata洞察數(shù)據(jù)科學(xué)研討會(huì)”的通知為了讓國(guó)內(nèi)用戶(hù)再次分享和學(xué)習(xí)Stata在數(shù)據(jù)分析領(lǐng)域的**經(jīng)驗(yàn)，武漢大學(xué)經(jīng)濟(jì)與管理學(xué)院聯(lián)合Stata中國(guó)授權(quán)代理北京天演融智軟件有限公司，舉辦*二屆“Stata洞察數(shù)據(jù)科學(xué)研討會(huì)”。本次會(huì)議為公益性會(huì)議，不收取任何費(fèi)用。相關(guān)會(huì)議信息如下：?主辦單位：武漢大學(xué)經(jīng)濟(jì)與管理學(xué)院?北京天演融智軟件有限公司（科學(xué)軟

• HYDRUS 水流和溶質(zhì)運(yùn)移模擬軟件

  HYDRUS是一個(gè)運(yùn)行于Windows系統(tǒng)下的環(huán)境模擬軟件，主要用于變量飽和多孔介質(zhì)的水流和溶質(zhì)運(yùn)移。HYDRUS包括用于模擬變量飽和多孔介質(zhì)下的水、熱和多溶質(zhì)運(yùn)移的二維和三維有限元計(jì)算，包括一個(gè)參數(shù)優(yōu)化算法，用于各種土壤的水壓和溶質(zhì)運(yùn)移參數(shù)的逆向估計(jì)。該模型互動(dòng)的圖形界面，可進(jìn)行數(shù)據(jù)前處理、結(jié)構(gòu)化和非結(jié)構(gòu)化的有限元網(wǎng)格生成以及結(jié)果的圖形展示。? HYDRUS一共五個(gè)版本，用戶(hù)可以選擇較